La gobernabilidad se considera hoy en día como un reto mayor para la perennidad de las instituciones microfinancieras. Esta perennidad requiere no solamente la viabilidad financiera y adaptarse a los marcos jurídicos existentes, pero también una organización interna transparente, eficiente y adaptada a todos los actores de la institución (empleados, directivos, beneficiarios, donantes o accionistas, socios externos).

CERISE trata de la gobernabilidad, partiendo de la identificación de los actores y de los modos de ejercicio del poder, para analizar los mecanismos de planeación estratégica y de decisión operacional, así como la capacidad a prevenir los riesgos.

Analizar la gobernabilidad de las instituciones microfinancieras es indispensable, aunque a menudo delicado, para consolidar el sector.

La gobernabilidad en microfinanzas, criterio clave de éxito o fracaso, no se estudiaba hasta hace poco. Esta "arte de gobernar" va mucho más allá que las cuestiones técnicas de relación entre consejo directivo y gerentes. Más bien, conlleva retos políticos de relaciones de poder, conflictos de interés, definición clara de las funciones y responsabilidades dentro de una institución.

CERISE diseñó una guía operacional para analizar la gobernabilidad de una IMF enfocándose en los actores y su capacidad de decisión. Puede ser usadoadirectamente por las IMF o por los asesores que las apoyan para mejorar la eficacidad de sus actividades y reforzar la coherencia entre su misión y acciones.

La gobernabilidad del desempeño social para una IMF implica movilizar el conjunto de sus actores, mecanismos y procesos que determinan la implementación de su política social.

La eficacidad en la realización del desempeño social depende de un vínculo fuerte entre estrategia social y gobernabilidad. La integración de la misión social de una IMF en sus principios y procesos de gobernabilidad permite entonces a la organización de guiar su gestión del desempeño social: puede tomar decisiones y manejar al día día el equilibrio sutil entre sus objetivos financieros y sociales, tomando en cuenta los intereses de los diferentes actores implicados: accionistas, directivos, los cuadros y empleados, pero también los usuarios de los servicios (clientes o socios), la comunidad y el medio ambiente.

A través de su reflexión sobre la gobernabilidad, articulada con los objetivos sociales, CERISE propone mecanismos concretos para ir desde la evaluación hacia la gestión del desempeño social.

La guía de análisis de la gobernabilidad fue declinada en módulos de capacitación, por ejemplo por el CAPAF en Africa del Oeste, en alianza con el IRAM. Actualmente este trabajo de CERISE concreta por:
 una herramienta de ayuda a la evaluación y a la decisión para las IMFs y sus redes (experiencias en Togo, México, Bolivia, con las redes de la Confederación de Instituciones Financieras de Africa del Oeste, etc.) ;
 en herramientas de capacitación práctica: CAPAF/CGAP en Africa del Oeste, talleres de CERISE ;
 en herramientas de reflexión y formación académica