La gouvernance est identifiée aujourd’hui comme un enjeu majeur de la pérennité des institutions de microfinance ("Banana Skins" 2008). La pérennité des IMF requiert en effet non seulement la viabilité financière et l’adaptation aux cadres juridiques existants, mais aussi une organisation interne transparente, efficace et acceptée par toutes les parties prenantes de l’institution (salariés, élus, bénéficiaires, bailleurs ou actionnaires, partenaires extérieurs).

CERISE aborde la gouvernance en partant de l’identification des acteurs et des modes d’exercice du pouvoir, pour analyser les mécanismes de programmation stratégique et de gestion opérationnelle et la capacité de prévention des risques.

Analyser la gouvernance constitue donc une approche indispensable, mais parfois relativement sensible, pour le renforcement du secteur.

La gouvernance en microfinance, facteur essentiel de réussite ou d’échec, est restée longtemps mal étudiée. Cet "art de gouverner" dépasse de loin les seules questions techniques des rapports entre conseil d’administration et managers mais porte bien sur des enjeux politiques de rapports de pouvoirs, de conflits d’intérêts et de définition claire des fonctions et des responsabilités au sein d’une institution.

CERISE a défini un guide opérationnel qui permet d’analyser la gouvernance d’une IMF selon cette approche par les acteurs et leur pouvoir de décision. Il est utilisable directement par les IMF ou les praticiens qui leur viennent en appui pour améliorer l’efficacité de l’activité de l’IMF et renforcer la cohérence entre mission et actions.

La gouvernance des performances sociales pour une IMF regroupe l’ensemble des acteurs, mécanismes et processus qui déterminent la mise en œuvre sa politique sociale.

L’efficacité dans la réalisation des performances sociales d’une IMF repose donc sur un lien solide entre stratégie sociale et gouvernance. L’intégration de la mission sociale d’une IMF dans ses principes et processus de gouvernance permet alors à l’organisation de guider sa gestion des performances sociales : elle peut prendre des décisions et gérer au quotidien l’équilibre subtil entre ses objectifs financiers et sociaux en tenant compte des intérêts des différents acteurs impliqués – les propriétaires et dirigeants, le management et les salariés, mais aussi les usagers des services (clients ou membres), la communauté et l’environnement.

A travers sa réflexion sur la gouvernance en lien avec les objectifs sociaux, CERISE propose une étape concrête pour passer de l’évaluation à la gestion des performances sociales.

Le guide d’analyse de la gouvernance a été décliné en modules de formation notamment par le CAPAF en Afrique de l’Ouest en lien avec l’IRAM. 
Aujourd’hui, le travail de CERISE sur la gouvernance se décline donc :
- en outil d’aide à l’évaluation et à la décision pour les IMF et leurs réseaux (expériences au Togo, au Mexique, en Bolivie, avec les réseaux de la Confédération des Institutions financières CIF en Afrique de l’Ouest, etc.) ;
- en outil de formation pratiques : CAPAF/CGAP Afrique de l’Ouest, ateliers CERISE ;
- en outil de réflexion et de formations universitaires.